După o sesiune de calificări foarte disputată, Jorge Lorenzo a obținut pole-position în Marele Premiu al Japoniei, spulberând în același timp recordul absolut al circuitului. Rossi pleacă al doilea, cu un timp foarte apropiat  de coechipierul său de la Yamaha.

A doua zi de antrenamente cronometrate și calificări de la Motegi a fost umbrită de accidentarea serioasă alui Alex de Angelis în FP4. Riderul sanmarinez a ieșit de pe pistă și s-a lovit de o barieră de protecție, suferind, probabil, un traumatism cranian. Anunțul inițial al medicilor de la circuit a fost că de Angelis era conștient și își putea mișca picioarele. Riderul echipei Forward Racing a fost transportat cu elicopterul la spital.

În prima parte a sesiunii de calificări, Q1, Maverick Vinales și Scott Redding au avansat în Q2, obținând cei mai buni timpi și devansându-i pe Stefan Bradl și pe Yonny Hernandez. În Q2, Lorenzo pleca drept favorit, după ce riderul din Mallorca a dominat fiecare sesiune și doborâse deja recordul absolut al circuitului în a treia sesiune de antrenamente.

După o primă parte de Q2, însă, Lorenzo avea abia al șaselea timp, iar Rossi era în față, diferențele dintre primii șase clasați fiind minime. După o primă schimbare de pneuri, însă, Lorenzo și-a scos asul din mânecă, obținând cel mai rapid timp al weekendului de până în acel moment, un nou record absolut. Apoi Jorge a intrat la boxe, părând puțin prea sigur pe el. Spre final de sesiune, Rossi, care nu strălucește de obicei în calificări, a coborât sub timpul lui Lorenzo și părea să aibă pole-position-ul asigurat pentru cursa de mâine, dar Lorenzo ieșise deja pe pistă cu motocicleta de rezervă și a semnat un timp fulminant, marcând a patra oară în acest weekend când s-a doborât recordul absolut al pistei.

Prima linie a grilei va fi astfel formată din Lorenzo, Rossi și Marquez, urmați de Dovizioso, Iannone și Pedrosa în a doua linie, în timp ce a treia linie va fi compusă din Aleix Espargaro, Cal Crutchlow și Bradley Smith. Acesta din urmă era pe cale să semneze un timp demn de primele poziții ale grilei, dar a căzut de două ori.

Cel mai rapid de până acum, ca ritm de cursă, s-a arătat Lorenzo, aceasta părând să nu fie afectat de accidentarea la umăr survenită acum o săptămână în timpul antrenamentelor pe minimoto. Rossi pare să reușească un ritm destul de apropiat de al coechipierului său. Prognoza meteo pentru mâine dă ploaia ca pe ceva aproape sigur, situație care ar putea să-l avantajeze pe Rossi.